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Die Aktivitäten der AG Fledermausschutz FDS konzentrieren sich auf die Bestandserfassung von Fledermausvorkommen in Sommer-, Winter- und Übergangsquartieren Diese Quartierdaten ermöglichen die Ausarbeitung wissenschaftlich fundierter Schutzmaßnahmen zur gezielten Sicherung von Quartieren.
Dabei konnten seit 1990 17 Fledermausarten nachgewiesen werden. Die Große und die Kleine Hufeisennase, die bis in die 1960er Jahre insbesondere im Schwarzwald, aber auch im Großraum Horb anzutreffen waren, konnten nicht mehr nachgewiesen werden und sind in ganz Baden-Württemberg ausgestorben.
Flächendeckend im Landkreis kommen die Arten Großes Mausohr, Kleine Bartfledermaus, Wasserfledermaus, Fransenfledermaus, Bechsteinfledermaus, Großer und Kleiner Abendsegler, Breitflügelfledermaus, Zwergfledermaus, Rauhautfledermaus und Braunes Langohr vor, wobei sich deren Häufigkeit stark unterscheidet. Die Zwergfledermaus ist mit einigen Tausend Individuen mit Abstand die häufigste Art, Quartiere finden sich insbesondere hinter Verkleidungen an Privathäusern. Bestände von über 1000 Tieren im Landkreis haben das Große Mausohr und die Wasserfledermaus. Vom Großen Mausohr ist aktuell allerdings nur eine Wochenstube mit 250 - 550 Weibchen in Dießen bei Horb bekannt, eine zweite Wochenstube im Murgtal wurde mutwillig bei Ausbauarbeiten zerstört. Die Wasserfledermaus kann jagend über allen Gewässern des Landkreises angetroffen werden. In Spalten an Brücken finden sich große Männchenkolonien, Wochenstuben sind bis jetzt jedoch keine bekannt.
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